Výskum konformačných preferencií prirodzene neusporiadaného proteínu tau

Course/Event Essentials

Event/Course Start
Event/Course End
Event/Course Format
In person

Venue Information

Country: Slovakia
Venue Details: Click here

Training Content and Scope

Level of Instruction
Other
Sector of the Target Audience
Research and Academia
Industry
Public Sector
Other (general public...)
HPC Profile of Target Audience
Application Users
Language of Instruction

Other Information

Organiser
Supporting Project(s)
EuroCC2/CASTIEL2
Event/Course Description

Prirodzene neusporiadaný proteín tau, ktorý zohráva úlohu v patogenéze Alzheimerovej choroby, nenadobúda za fyziologických podmienok stabilnú 3D štruktúru, na rozdiel od globulárnych proteínov, ale fluktuuje medzi rôznymi konformáciami. Jeho štruktúru je možné opísať ako súbor prechodných konformácií, ktoré sú rôznou mierou zastúpené - tzv. konformačný ensemble. Na jeho popis je možné využiť rôzne experimentálne metódy, ako napríklad NMR spolu s výpočtovými metódami simulácie molekulovej dynamiky (MD), na ktorú využívame HPC prostriedky. Jedným príkladom využitia je popis konformačného správania krátkeho peptidu z prolínovej oblasti tau proteínu vo voľnom stave pomocou MD simulácie, ktorý je možné porovnať s konformáciou získanou pomocou Röntgenovej kryštalografie z komplexu tau peptidu so špecifickou protilátkou.